Thanh Vân là một xã miền núi, vùng đất cổ truyền, hình thành cùng với quá trình dựng và giữ nước của dân tộc.
Trước tháng 8/1945, là phần đất của xã Thanh Vân và xã Hoàng Lại, cùng Ấp 36 mẫu ( tức ấp Gò Táo hay trại Ông Nhuận sau gọi là Tam Hợp). Trong thời kỳ kháng chiến chống thực dân Pháp, xã Thanh Vân sát nhập với xã Đồng Tân gọi là xã Đồng Tiến. Năm 1953, tách xã này thành hai xã Đồng Tiến và Đồng Tân. Năm 1971, đổi tên gọi xã Đồng Tiến thành xã Thanh Vân như cũ. Hiện nay, xã Thanh Vân có 7 thôn, mỗi thôn lại thành lập lên các xóm/trại/ đội để rễ gọi và phân biệt. 7 thôn của xã Thanh Vân gồm thôn Tam Hợp, thôn Hoàng Lại, thôn Đồng Điểm, thôn Thanh Vòng, thôn Thanh Phác, thôn Thanh Lay, thôn Thanh Bình.
Ngày 28 tháng 9 năm 2024, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 1191/NQ-UBTVQH15 về việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã của tỉnh Bắc Giang giai đoạn 2023 – 2025 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2025).[1]