Trước Cách mạng tháng Tám năm 1945, các thôn, làng của xã Hợp Thịnh ngày nay thuộc tổng Gia Cát và tổng Cẩm Bào. Các xã thuộc tổng Gia Cát gồm: Ninh Tào, Hương Ninh, Đa Hội, Đồng Đạo. Xã thuộc tổng Cẩm Bào có Trung Trật. Sau Cách mạng tháng Tám năm 1945, khi cấp tổng, xã cũ bị xóa bỏ để thành lập đơn vị hành chính mới, xã Hợp Thịnh được thành lập trên cơ sở địa dư hành chính của các xã cũ: Ninh Tào, Hương Ninh, Đa Hội, Đồng Đạo, Trung Trật.
Hiện nay, xã có 6 thôn: Ninh Tào, Hương Ninh, Đa Hội, Gò Pháo, Đồng Đạo và Trung Tâm. Thôn Trung Tâm trước kia còn có tên là Trung Trật hoặc gọi là Kì Dật (làng Dật). Đến năm 1963, đổi tên thôn thành Trung Tâm. Thôn Đa Hội còn có tên là Soi Đành.