Trước Cách mạng tháng Tám năm 1945, xã Vân Trung thuộc tổng Hoàng Mai, huyện Việt Yên.
Ngày 2 tháng 5 năm 1949, Uỷ ban kháng chiến hành chính Liên khu I ban hành Quyết định 233/QĐ-UB/4 về việc đổi tên Vân Trung thành xã Hồng Phong, sau đổi tên là Dân Tiến.
Năm 1968, đổi tên xã Dân Tiến thành xã Vân Trung.[4]
Ngày 13 tháng 12 năm 2023, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 938/NQ-UBTVQH15 về việc thành lập thị xã Việt Yên (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2024)[1]. Theo đó, thành lập phường Vân Trung trên cơ sở toàn bộ 9,67 km² diện tích tự nhiên và dân số 9.792 người của xã Vân Trung.