Dưới thời phong kiến, địa giới Bắc Lý ngày nay gồm 3 xã là: Bắc Lý, Lý Viên, Vụ Nông thuộc tổng Ngọ Xá, huyện Hiệp Hoà. Đầu thế kỉ XIX tổng Ngọ Xá thuộc huyện Việt Yên, phủ Bắc Hà, trấn Kinh Bắc. Đến đầu thế kỉ XX vẫn thuộc tổng Ngọ Xá, huyện Việt Yên, phủ Lạng Giang, tỉnh Bắc Giang.
Sau Cách mạng tháng 8 năm 1945, thực hiện chủ trương của cấp trên về việc sáp nhập các xã nhỏ thành xã lớn, 3 xã Bắc Lý, Lý Viên, Vụ Nông sáp nhập thành xã Quốc Tuấn thuộc huyện Hiệp Hoà. Đến năm 1968, xã Quốc Tuấn đổi tên thành xã Bắc Lý và có 30 thôn trên địa bàn xã.
Năm 1968, đổi tên xã Quốc Tuấn thành xã Bắc Lý.
Tính đến ngày 31 tháng 12 năm 2018, xã Bắc Lý có 30 thôn: Bắc Sơn, Bắc Vụ 1, Bắc Vụ 2, Cầu Rô, Cầu Trang Ngoài, Cầu Trang Trong, Đầm, Đoài, Đông, Đồng Cũ, Đồng Giót, Đồng Sói, Hợp Lý, Hợp Vang, Lý Viên, Mã Quần, Nổi 1, Nổi 2, Nội Thổ, Sau Chiền, Tân Dân, Tân Hưng, Tân Lý, Trại Quần, Trại Rô, Trong, Trước, Trung, Vụ Bản, Vụ Nông.
Ngày 11 tháng 7 năm 2019, HĐND tỉnh Bắc Giang ban hành Nghị quyết số 19/NQ-HĐND[6] về việc:
- Sáp nhập 3 thôn: Bắc Vụ 1, Bắc Vụ 2, Tân Hưng vào thôn Vụ Bản.
- Sáp nhập thôn Trại Quần vào thôn Mã Quần.
- Thành lập thôn Cầu Trang trên cơ sở 3 thôn: Cầu Trang Ngoài, Cầu Trang Trong, Hợp Vang.
- Thành lập thôn Đông Trong Đầm trên cơ sở 3 thôn: Đông, Trong, Đầm.
- Thành lập thôn Tam Hợp trên cơ sở 4 thôn: Đồng Cũ, Đồng Giót, Đồng Sói, San Chiền.
- Thành lập thôn Tân Cầu Rô trên cơ sở 3 thôn: Tân Lý, Cầu Rô, Trại Rô.
- Thành lập thôn Tân Hợp trên cơ sở thôn Tân Dân và thôn Hợp Lý.
- Thành lập thôn Thống Nhất trên cơ sở 4 thôn: Bắc Sơn, Nổi 1, Nổi 2, Trước.
- Thành lập thôn Trung Tâm trên cơ sở 3 thôn: Đoài, Nội Thổ, Trung.
Xã Bắc Lý có 11 thôn: Cầu Trang, Đông Trong Đầm, Lý Viên, Mã Quần, Tam Hợp, Tân Cầu Rô, Tân Hợp, Thống Nhất, Trung Tâm, Vụ Bản, Vụ Nông.
Ngày 7 tháng 1 năm 2020, UBND tỉnh Bắc Giang ban hành Quyết định số 18/QĐ-UBND[2] về việc công nhận khu vực Phố Hoa (xã Bắc Lý) là đô thị loại V.[7]
Ngày 12 tháng 5 năm 2022, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 510/NQ-UBTVQH15 (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 7 năm 2022).[1] Theo đó, thành lập thị trấn Bắc Lý trên cơ sở toàn bộ 12,90 km² diện tích tự nhiên và 15.279 người của xã Bắc Lý.
Tháng 6 năm 2022, UBND tỉnh Bắc Giang ban hành Quyết định[8] về việc:
- Chuyển thôn Cầu Trang thành tổ dân phố Cầu Trang.
- Chuyển thôn Đông Trong Đầm thành tổ dân phố Đông Trong Đầm.
- Chuyển thôn Lý Viên thành tổ dân phố Lý Viên.
- Chuyển thôn Mã Quần thành tổ dân phố Mã Quần.
- Chuyển thôn Tam Hợp thành tổ dân phố Tam Hợp.
- Chuyển thôn Tân Cầu Rô thành tổ dân phố Tân Cầu Rô.
- Chuyển thôn Tân Hợp thành tổ dân phố Tân Hợp.
- Chuyển thôn Thống Nhất thành tổ dân phố Thống Nhất.
- Chuyển thôn Trung Tâm thành tổ dân phố Trung Tâm.
- Chuyển thôn Vụ Bản thành tổ dân phố Vụ Bản.
- Chuyển thôn Vụ Nông thành tổ dân phố Vụ Nông.
Thị trấn Bắc Lý có 11 tổ dân phố: Cầu Trang, Đông Trong Đầm, Lý Viên, Mã Quần, Tam Hợp, Tân Cầu Rô, Tân Hợp, Thống Nhất, Trung Tâm, Vụ Bản, Vụ Nông.